L'Unione di comuni è la forma di collaborazione più avanzata per la gestione associata dei servizi e delle funzioni dei piccoli comuni. A differenza di quanto originariamente disposto dall'art. 26 della legge 142/90, ora, con l'art. 32 TU, questa forma associativa non è più preordinata alla fusione dei Comuni. Essa è anzi molto flessibile nel senso che un Comune o più comuni possono entrare a farne parte anche dopo la sua costituzione, così come uno o più comuni che ne fanno parte possono decidere di uscirne.
Ampia è l'autonomia statutaria e regolamentare delle Unioni di comuni. Il citato art. 32 del TU si limita a disporre che:
il Presidente sia scelto tra i Sindaci dei comuni aderenti;
gli altri Organi siano formati da componenti delle Giunte e dei Consigli, garantendo la rappresentanza delle minoranze;
il numero dei componenti degli Organi non sia superiore al limite previsto per i comuni di dimensione pari alla popolazione complessiva dell'Unione.
Circa le indennità agli amministratori, l'art. 82.1 del TU prevede l'erogazione delle stesse ai componenti degli Organi esecutivi (Presidenti ed Assessori), ma non al Presidente del Consiglio dell'Unione.
L'indennità spettante al Presidente ed agli Assessori dell'Unione è stata ridefinita in riduzione dall'art. 2.25 L.F./08. Le indennità di funzione attribuite dal Comune e dall'Unione non sono tra loro cumulabili. L'interessato opta per la percezione di una delle due indennità , ovvero per la percezione del 50% di ciascuna (art. 82.5, TU).
L'aspettativa compete al solo Presidente. I Consiglieri possono ottenerla ponendo a proprio carico i contributi ex art. 86 T.U. (art. 2.24 L.F./08).
L'Organo di revisione dell'Unione è formato da un solo componente (Art. 234.3, T.U.). Al regime della Tesoreria unica sono soggette le Unioni avente popolazione pari o superiore ai 10.000 abitanti (DPCM 28/10/99).
La formazione delle Unioni è incentivata da contributi regionali (Art. 33, T.U.) e statali.
I contributi statali sono quantificati annualmente con la legge finanziaria (Vedasi, per l'anno 2006,commi 153 e 154 L.F. 06). Per l'anno 2007 è confermato il contributo 2006 (Art. 1.696 L.F. 07). Per l'anno 2008 è confermato il contributo del 2007 (Art. 2.2 L.F./08).
La ripartizione dei fondi avviene sulla base di tre parametri:
numero di comuni aderenti;
numero di servizi esercitati in forma associata e relativa spesa;
popolazione dell'Unione.
La spesa sostenuta viene certificata su apposito modello ministeriale.
L'art. 1 quater, comma 8, del D.L. n. 50/03, convertito nella legge n. 116/03, ha stabilito che qualora comuni con popolazione superiore a 5.000 abitanti facciano parte delle unioni di comuni, i parametri di riparto dei contributi statali sono applicati considerando tali enti come comuni con popolazione sino a 5.000 abitanti. Sono comunque esclusi ai fini dell'applicazione dei parametri di riparto i comuni con popolazione superiore ai 30.000 abitanti.
Con DM 23.12.03 è stato approvato il criterio di riparto dei fondi destinati alle spese per servizi di sicurezza previsti dall'art. 31.7 della legge 289/02.